最近は、javascriptを使って別ウィンドウを開くサイトが多いですね。

多分、そうやって親ウィンドウからスクリプトで制御したりとかするような場合もあるのかもしれませんし、何か別の意図があってわざとそんな風にしているのかもしれません。

でも、それでは検索エンジンにひっかからなくなって、SEO的に不都合な場合もあったり無かったりするのではないかと思います。

開くのはスクリプトで開きたいけど、しかし、サーチエンジンにも拾って貰いたい！
そういう場合はこれです。

具体的な書き方はこんな感じです。

<a  href="http://www.matsumasa.com" onclick="window.open(this.href, 'matsumasa' ); return false;">まつまさどっとこむ</a>

簡単でしょ？
それに、なんだか「なるほどな」と、思いませんか？

ちなみに、return false; の意味は、<a>タグのリンク機能をさせない為のもの。

上記の場合だと、true になっていると、javascript で開いたウィンドウと、リンク本来機能の遷移が同時に発生してしまう．．．らしい。面倒なので試してません。