執筆時点で、GoogleMap上のマーカーはより南の方が上に重ねて表示されるように設定されています。

しかし、そこはそれ、レイヤーを扱うソフトではしょっちゅう出てくるzindexの値をさわると、北に位置しているマーカーでも重ね合わせの上に持ってくることができます。

var map = new GMap2(document.getElementById("map"));

(途中省略)

var latlng = new GLatLng(適当な値);
var zindex = 10;
var markerOptions = {zIndexProcess:function(){return zindex;}};//marker option 設定
var marker = new GMarker(latlng,markerOptions);
map.addOverlay(marker);

これで、あとは zindex の値を適当に変えてやればOK。

zindex の大きい方が上にきました。